artikel bioinformatika lanjutan sebelumnya
Menurut Wikipedia, Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Bioinformatika ini merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatika ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.
Bidang yang terkait dengan bioInformatika:
salah satu contoh artikel mengenai bioinformatika seperti gromacs dan pymol. ini merupakan artikel dari https://sites.google.com/a/bioinformatika.org/www/artikel mengenai gromacs.
GROMACS (GROningen Machine for Chemical Simulation) merupakan suatu perangkat lunak berbasis Unix/Linux yang dikembangkan oleh Departemen Kimia Universitas Groningen Belanda pada era 1990an untuk keperluan simulasi molecular dynamics. Prangkat lunak ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman ANSI C dan merupakan perangkat lunak yang bersifat open source dibawah lisensi GPL (GNU General Public License) (Van Der Spoel et al. 2005).
Konsep sains dalam pengembangan GROMACS yaitu untuk menyediakan program dengan sejumlah kode program yang dapat digunakan secara luas dan effisien dalam MD, terutama simulasi (makro)molekul biologis dalam lingkungan cairan dan membran dan mampu berjalan optimum pada satu buah prosesor sama baiknya seperti penggunaan sistem komputer secara paralel. GROMACS tidak hanya menggunakan konsep mikrokanonis mekanika Hamiltonian dalam proses komputasinya tetapi juga mengunakan pendekatan dinamika stokastik (SD) yang di dalamnya mencakup konsep dinamika Langevin dan Brownian serta minimisasi energi (EM). Selain itu, berbagai gabungan metode untuk mengukur temperatur dan tekanan juga termasuk dalam pengembangannya. GROMACS juga memungkinkan adanya gaya eksternal yang dapat diaplikasikan untuk menguatkan ketidaksetimbangan dinamik. Atom-atom dapat dikelompokkan dalam grup khusus untuk tujuan partisipasi selektif dalam proses dinamik atau analisis energi secara mendetail. Paket program GROMACS juga menyediakan sejumlah besar program analisis mulai dari analisis grafis trajektori sampai mode normal dan analisis dasar komponen dari proses fluktuasi atau perubahan yang terjadi pada suatu struktur (Van Der Spoel et al. 2005).
GROMACS merupakan program simulasi MD yang diklaim sebagai program yang cepat, fleksibel, dan bersifat bebas oleh para pengembangnya (Van Der Spoel et al. 2005). Parameter yang digunakan sebagai input dalam menjalankan simulasi MD dapat menggunakan format file dari program simulasi MD lainnya, begitu juga dengan algoritma untuk menghitung energi ataupun interaksi yang terjadi dalam simulasi bersifat kompatibel dengan program yang sejenis. Program GROMACS berjalan lebih cepat dalam proses ruuning programnya karena menggunakan proses stokastik dalam metode komputasinya dan mendukung operasional secara multiparalel menggunakan beberapa prosesor sekaligus dalam penghitungan prosesnya. GROMACS termasuk program yang memiliki lisensi publik dalam pengembangan perangkat lunaknya oleh karena itu program tersebut dapat dikembangkan oleh siapa saja dan bersifat terbuka bagi kode program dan dokumentasinya (Van Der Spoel et al. 2005).
GROMACS menggunakan prinsip dan teori dasar MD dari hukum-hukum fisika, matematika, statistika, dan kimia dalam pengembangan algoritma dan proses komputasinya. GROMACS saat ini sudah banyak digunakan untuk mempelajari mengenai struktur biologis dengan menggunakan metode MD. Beberapa aplikasi yang dapat dilakukan menggunakan GROMACS yaitu simulasi membran, simulasi protein membran, interaksi molekul dengan sinar X, studi tentang mekanika kuantum dan mekanika klasik, simulasi pembentukan konformasi 3D protein (folding), mekanisme docking suatu ligan dengan molekul tertentu, ataupun pengujian stabilitas suatu (makro)molekul (Van Der Spoel et al. 2005).
Pustaka:
Van Der Spoel D, Lindahl E, Hess B, Groenhof G, Mark AE, Berendsen HJC. 2005. GROMACS: Fast. Flexible, and Free. J.of Compt Chem 16:1701-1718.
dan mungkin masih banyak lagi contoh artikel yang ada..GROMACS (GROningen Machine for Chemical Simulation) merupakan suatu perangkat lunak berbasis Unix/Linux yang dikembangkan oleh Departemen Kimia Universitas Groningen Belanda pada era 1990an untuk keperluan simulasi molecular dynamics. Prangkat lunak ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman ANSI C dan merupakan perangkat lunak yang bersifat open source dibawah lisensi GPL (GNU General Public License) (Van Der Spoel et al. 2005).
Konsep sains dalam pengembangan GROMACS yaitu untuk menyediakan program dengan sejumlah kode program yang dapat digunakan secara luas dan effisien dalam MD, terutama simulasi (makro)molekul biologis dalam lingkungan cairan dan membran dan mampu berjalan optimum pada satu buah prosesor sama baiknya seperti penggunaan sistem komputer secara paralel. GROMACS tidak hanya menggunakan konsep mikrokanonis mekanika Hamiltonian dalam proses komputasinya tetapi juga mengunakan pendekatan dinamika stokastik (SD) yang di dalamnya mencakup konsep dinamika Langevin dan Brownian serta minimisasi energi (EM). Selain itu, berbagai gabungan metode untuk mengukur temperatur dan tekanan juga termasuk dalam pengembangannya. GROMACS juga memungkinkan adanya gaya eksternal yang dapat diaplikasikan untuk menguatkan ketidaksetimbangan dinamik. Atom-atom dapat dikelompokkan dalam grup khusus untuk tujuan partisipasi selektif dalam proses dinamik atau analisis energi secara mendetail. Paket program GROMACS juga menyediakan sejumlah besar program analisis mulai dari analisis grafis trajektori sampai mode normal dan analisis dasar komponen dari proses fluktuasi atau perubahan yang terjadi pada suatu struktur (Van Der Spoel et al. 2005).
GROMACS merupakan program simulasi MD yang diklaim sebagai program yang cepat, fleksibel, dan bersifat bebas oleh para pengembangnya (Van Der Spoel et al. 2005). Parameter yang digunakan sebagai input dalam menjalankan simulasi MD dapat menggunakan format file dari program simulasi MD lainnya, begitu juga dengan algoritma untuk menghitung energi ataupun interaksi yang terjadi dalam simulasi bersifat kompatibel dengan program yang sejenis. Program GROMACS berjalan lebih cepat dalam proses ruuning programnya karena menggunakan proses stokastik dalam metode komputasinya dan mendukung operasional secara multiparalel menggunakan beberapa prosesor sekaligus dalam penghitungan prosesnya. GROMACS termasuk program yang memiliki lisensi publik dalam pengembangan perangkat lunaknya oleh karena itu program tersebut dapat dikembangkan oleh siapa saja dan bersifat terbuka bagi kode program dan dokumentasinya (Van Der Spoel et al. 2005).
GROMACS menggunakan prinsip dan teori dasar MD dari hukum-hukum fisika, matematika, statistika, dan kimia dalam pengembangan algoritma dan proses komputasinya. GROMACS saat ini sudah banyak digunakan untuk mempelajari mengenai struktur biologis dengan menggunakan metode MD. Beberapa aplikasi yang dapat dilakukan menggunakan GROMACS yaitu simulasi membran, simulasi protein membran, interaksi molekul dengan sinar X, studi tentang mekanika kuantum dan mekanika klasik, simulasi pembentukan konformasi 3D protein (folding), mekanisme docking suatu ligan dengan molekul tertentu, ataupun pengujian stabilitas suatu (makro)molekul (Van Der Spoel et al. 2005).
Pustaka:
Van Der Spoel D, Lindahl E, Hess B, Groenhof G, Mark AE, Berendsen HJC. 2005. GROMACS: Fast. Flexible, and Free. J.of Compt Chem 16:1701-1718.
bioinformatika mempunyai tiga komponen:
Penciptaan database yang memungkinkan penyimpanan dan manajemen pengaturan data biologi yang besar.
Pengembangan algoritma dan statistik untuk menentukan hubungan diantara sejumlah data set yang besar.
Penggunaan dari perkakas untuk analisa dan penafsiran dari berbagai jenis data biologi, mencakup DNA, RNA dan urutan protein, struktur protein, profil ekspresi gen, dan jalur biokimia.
http://suryokuncorojakti-fkh.web.unair.ac.id/artikel_detail-38847-Biomolekuler%20dan%20Imunologi-Bioinformatika.html
0
komentar
