artikel bioinformatika lanjutan sebelumnya


Menurut Wikipedia, Bioinformatika (bahasa Inggris: bioinformatics) adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Bioinformatika ini merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatika ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.
Bidang yang terkait dengan bioInformatika:
salah satu contoh artikel mengenai bioinformatika seperti gromacs dan pymol. ini merupakan artikel dari https://sites.google.com/a/bioinformatika.org/www/artikel mengenai gromacs.
 GROMACS (GROningen Machine for Chemical Simulation) merupakan suatu perangkat lunak berbasis Unix/Linux yang dikembangkan oleh Departemen Kimia Universitas Groningen Belanda pada era 1990an untuk keperluan simulasi molecular dynamics. Prangkat lunak ini dibuat dengan menggunakan bahasa pemrograman ANSI C dan merupakan perangkat lunak yang bersifat open source dibawah lisensi GPL (GNU General Public License) (Van Der Spoel et al. 2005).

Konsep sains dalam pengembangan GROMACS yaitu untuk menyediakan program dengan sejumlah kode program yang dapat digunakan secara luas dan effisien dalam MD, terutama simulasi (makro)molekul biologis dalam lingkungan cairan dan membran dan mampu berjalan optimum pada satu buah prosesor sama baiknya seperti penggunaan sistem komputer secara paralel. GROMACS tidak hanya menggunakan konsep mikrokanonis mekanika Hamiltonian dalam proses komputasinya tetapi juga mengunakan pendekatan dinamika stokastik (SD) yang di dalamnya mencakup konsep dinamika Langevin dan Brownian serta minimisasi energi (EM). Selain itu, berbagai gabungan metode untuk mengukur temperatur dan tekanan juga termasuk dalam pengembangannya. GROMACS juga memungkinkan adanya gaya eksternal yang dapat diaplikasikan untuk menguatkan ketidaksetimbangan dinamik. Atom-atom dapat dikelompokkan dalam grup khusus untuk tujuan partisipasi selektif dalam proses dinamik atau analisis energi secara mendetail. Paket program GROMACS juga menyediakan sejumlah besar program analisis mulai dari analisis grafis trajektori sampai mode normal dan analisis dasar komponen dari proses fluktuasi atau perubahan yang terjadi pada suatu struktur (Van Der Spoel et al. 2005).

GROMACS merupakan program simulasi MD yang diklaim sebagai program yang cepat, fleksibel, dan bersifat bebas oleh para pengembangnya (Van Der Spoel et al. 2005). Parameter yang digunakan sebagai input dalam menjalankan simulasi MD dapat menggunakan format file dari program simulasi MD lainnya, begitu juga dengan algoritma untuk menghitung energi ataupun interaksi yang terjadi dalam simulasi bersifat kompatibel dengan program yang sejenis. Program GROMACS berjalan lebih cepat dalam proses ruuning programnya karena menggunakan proses stokastik dalam metode komputasinya dan mendukung operasional secara multiparalel menggunakan beberapa prosesor sekaligus dalam penghitungan prosesnya. GROMACS termasuk program yang memiliki lisensi publik dalam pengembangan perangkat lunaknya oleh karena itu program tersebut dapat dikembangkan oleh siapa saja dan bersifat terbuka bagi kode program dan dokumentasinya (Van Der Spoel et al. 2005).

GROMACS menggunakan prinsip dan teori dasar MD dari hukum-hukum fisika, matematika, statistika, dan kimia dalam pengembangan algoritma dan proses komputasinya. GROMACS saat ini sudah banyak digunakan untuk mempelajari mengenai struktur biologis dengan menggunakan metode MD. Beberapa aplikasi yang dapat dilakukan menggunakan GROMACS yaitu simulasi membran, simulasi protein membran, interaksi molekul dengan sinar X, studi tentang mekanika kuantum dan mekanika klasik, simulasi pembentukan konformasi 3D protein (folding), mekanisme docking suatu ligan dengan molekul tertentu, ataupun pengujian stabilitas suatu (makro)molekul (Van Der Spoel et al. 2005).

Pustaka:

Van Der Spoel D, Lindahl E, Hess B, Groenhof G, Mark AE, Berendsen HJC. 2005. GROMACS: Fast. Flexible, and Free. J.of Compt Chem 16:1701-1718.

dan mungkin masih banyak lagi contoh artikel yang ada..

bioinformatika mempunyai tiga komponen:
Penciptaan database yang memungkinkan penyimpanan dan manajemen pengaturan data biologi yang besar.
Pengembangan algoritma dan statistik untuk menentukan hubungan diantara sejumlah data set yang besar.
Penggunaan dari perkakas untuk analisa dan penafsiran dari berbagai jenis data biologi, mencakup DNA, RNA dan urutan protein, struktur protein, profil ekspresi gen, dan jalur biokimia.

http://suryokuncorojakti-fkh.web.unair.ac.id/artikel_detail-38847-Biomolekuler%20dan%20Imunologi-Bioinformatika.html 

mobile aplication android belajar mengenal huruf hijaiyah

        Aplikasi Mobile Belajar Mengenal Huruf Hijaiyah Menggunakan Sistem Operasi Android adalah aplikasi pengenalan huruf- huruf hijaiyah dan cara mengucapkan lafalnya secara baik, aplikasi ini dibuat dengan bahasa pemrograman Java untuk sistem operasi berbasis Android pada ponsel. Seperti halnya menampilkan gambar serta mengeluarkan suara di ponsel lainnya. Aplikasi ini memiliki beberapa menu standar seperti mulai, tentang dan keluar. 

Pembuatan Project di Eclipse
            Membuat aplikasi BelajarHurufHijaiyah pada eclipse yang harus dilakukan adalah sebagai berikut:
  1. Buka Eclipse yang telah di install dan pastikan semua yang diperlukan saat menginstal sudah lengkap, pertama kali pilih New -> Android Project atau New -> Project kemudian pilih Android Project -> Next  
  2. Isikan semua field yang ada pada jendela New Android Project, pada field package name mengacu pada standar penamaan aplikasi java (java-package-naming guideline) isikan sesuai dengan top level domain kita (misal : com, org, net)
  3. Klik Finish, maka akan dibuat beberapa folder dan file secara otomatis. Buka folder src untuk memasukkan kodingan .java, res > layout untuk kodingan .xml, res > raw untuk suara, dan res > drawable untuk gambar, serta res > values untuk membuat array dan string.xml. 
  4. pertama kita isi terlebih dahulu kita lihat androidmanifest.xml. isi di dalam ini akan secara otomatis bertambah jika kita menambahkan atau mengurangi ekstensi .xml
  5. androidmanifest.xml
  6. setelah itu mari kita isikan perintah dengan new android xml file di dalam folder layout yaitu masukan perintah ini untuk menu.xml 
  7. kemudian buat pilih.xml untuk tampilan di android setelah menu maka akan terdapat pilihan pilih.xml, perintahnya seperti berikut: 
  8. selain pilihan di dalam menu juga terdapat about.xml, perintahnya sebagai berikut:
  9. Dan yang terpenting dalam tampilan di layout terdapat nama-nama huruf hijaiyah dalam bentuk .xml, sebagai contoh yaitu alif.xml untuk huruf lain perintah yang digunakan sama hannya saja berbeda penamaan.
  10. Kemudian masukkan perintah .java yang terdapat di dalam src-> com -> pi. pertama masukan untuk perintah belajarhurufhijaiyah.java yang digunakan untuk perintah dari keseluruhan.
  11. Dan juga buat setiap xml yang berada di layout tersebut harus mempunyai .java, seperti menu.java sebagai berikut 
  12.  lalu, about.java dan jangan lupa untuk alif.java agar program ini dapat berjalan tanpa eror, berikut perintah alif.java dan semua huruf pun sama hanya membedakan nama, 
  13. setelah semua perintah layout dan src sudah selesai maka buat folder untuk penempatan gambar dan suara. untuk gambar maka buat letakan pada folder res dengan nama drawable-hdpi dan semua gambar berekstensi png. lalu untuk suara juga lakukan hal yang sama yaitu membuat folder baru pada res dengan nama raw dan semua suara berekstensi .wav
  14. karena aplikasi ini menggunakan pengulangan atau array dalam bentuk listview maka buat folder baru di dalam res lalu values dan masukkan perintah array.xml  
  15. dan string.xml
  16. Setelah selesai semua koding java maupun xml kita dapat mencoba menjalankannya dengan memilih Run As pada jendela Run lalu pilih Android Application, klik Ok atau dengan klik kanan pada folder yang akan kita jalankan pilih Run As -> Android Application,
  17. AVD akan mucul, tetapi tampilan masih Screen Locked. Pilih Menu -> Launcher Menu kemudian aplikasi BelajarHurufHijaiyah kita langsung dieksekusi.
Tampilan Menu Utama
Secara umum aplikasi belajar mengenal huruf hijaiyah ini hanya menampilkan dua bagian, yaitu bagian background dan bagian button.
 
Tampilan Tentang
Pada gambar tampilan tulisan yang muncul dari tombol tentang.
 
Tampilan Pilih huruf
Pada tampilan ini menggunakan new layout juga seperti rancangan tampilan pilih huruf. Tampilan Pilih Huruf kali ini menggunakan listview sehingga tampilan tersebut dapat digeser ke bawah dengan scroll. Dan juga pada tampilan ini memiliki satu buah tombol yang digunakan untuk kembali, yaitu tombol Kembali
Tampilan huruf hijaiyah
            Pada tampilan huruf hijaiyah dibuat dengan tampilan gambar, button pilihan dan button suara. Pada button suara ini menampilkan suara dari huruf hijaiyah yang telah pilih. Tampilan huruf hijaiyah juga menggunakan background yang berbeda- beda pada tiap hurufnya. Berikut ini tampilan huruf hijaiyah alif :
 
Ketika button PILIH LAIN di pilih maka akan kembali ke tampilan yang tadi yaitu tampilan menu pilih huruf, sedangkan jika button suara maka akan keluar suara huruf alif tersebut. Dan jika pengguna memilih keluar dari aplikasi ini maka pengguna akan diarahkan ke halaman awal. tampilan huruf- huruf lainnya:
Berikut aplikasi untuk anak- anak dalam mempelajari huruf-huruf hijaiyah, aplikasi ini ditujukan bagi yang beragama muslim untuk mengajarkan anak- anaknya mengenal huruf hijaiyah sebelum mempelajari al-qur'an. aplikasi ini terdapat gambar, suara, dan tulisan dari huruf tersebut, tiga unsur ini yang terdapat dalam multimedia. aplikasi ini hanya bisa dijalankan pada ponsel smartphone berbasis android khususnya android 2.2 (froyo).
silahkan dicoba bagi yang ingin..kalo ada pesan dan saran comment aja ya..